ตามกฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ พ.ศ.๒๕๔๙ อาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๘ ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ.๒๕๓๔ ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ ๔) พ.ศ.๒๕๔๓ ข้อ ๒ ให้สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ มีภารกิจเกี่ยวกับการดำเนินงานสนองงานคณะสงฆ์และรัฐ โดยการทำนุบำรุง ส่งเสริมกิจการพระพุทธศาสนาให้การอุปถัมภ์ คุ้มครอง และส่งเสริมพัฒนางานพระพุทธศาสนา ดูแล รักษา จัดการศาสนสมบัติ พัฒนาพุทธมณฑลให้เป็นศูนย์กลางทางพระพุทธศาสนา รวมทั้งให้การสนับสนุนส่งเสริมพัฒนาบุคลากรทางศาสนา นั้น
เพื่อให้เกิดความเหมาะสมในการใช้กำลังคนภาครัฐและให้การปฏิบัติราชการมีความคล่องตัว สัมฤทธิ์ผล เกิดประสิทธิภาพ ประสิทธิผล และประโยชน์สูงสุดแก่ทางราชการ สอดคล้องตามแนวทางของการบริหารจัดการภาครัฐแนวใหม่ ซึ่งได้กำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบและมอบหมายภารกิจการปฏิบัติงานของกลุ่มยุทธศาสตร์และแผนงาน สำนักงานเลขานุการกรม สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ โดยให้อยู่ในการบริหารจัดการ กำกับ ดูแล และบังคับบัญชาของผู้อำนวยการกลุ่มยุทธศาสตร์และแผนงาน สำนักงานเลขานุการกรม สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ดังนี้
ภารกิจกลุ่มยุทธศาสตร์และแผนงาน สำนักงานเลขานุการกรม สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ
๑. วิเคราะห์นโยบายและแผนของรัฐและคณะสงฆ์
๒. จัดทำแผนพัฒนาฯ ระยะ ๕ ปี และแผนปฏิบัติราชการประจำปี
๓. วิเคราะห์แผนพัฒนาจังหวัด เพื่อประกอบการของบประมาณ
๔. วิเคราะห์งาน/โครงการ เสนอสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติพิจารณาอนุมัติ
๕. เสนอแนะแนวการดำเนินงาน ประสานแผนการปฏิบัติงานระหว่างหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง
๖.จัดทำงบประมาณประจำปี ทั้งของแผ่นดินและศาสนสมบัติกลาง
๗. จัดทำแผน/ผลการใช้จ่ายงบประมาณแผ่นดิน การรายงานผลการปฏิบัติงานของสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ต่อรัฐบาล มหาเถรสมาคม
๘. งานติดตามประเมินผล
๙. งานวิจัย
๑๐. งานอื่นๆ ที่ได้รับมอบหมาย